새만금 내부개발의 기조가 될 125km의 방수제 축조공사를 놓고 농림수산식품부와 문화체육관광부, 국토해양부 등 관련 부처간 견해가 크게 엇갈려 논란이 일기 시작한 이래 축조공사의 공사 입찰이 무기한 연기되면서 좀처럼 풀릴 기미가 보이지 않고 있다.